Acercamiento a la detección de virus sugarcane yellow leaf virus y sus variantes genómicas utilizando diferentes cebadores en prueba molecular RT-PCR en cultivos de Saccharum officinarum en el valle del rio Cauca.

Abstract

La hoja amarilla en el cultivo de caña de azúcar es una enfermedad sistémica causada por el virus Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV) perteneciente al género Polerovirus de la familia Luteoviridae; considerada como una enfermedad de gran importancia en zonas productoras de caña de azúcar debido a la afectación en el desarrollo y productividad de biomasa y sacarosa. Por tal motivo es importante la detección de este patógeno en cultivas destinados para multiplicación (semilleros) con el objetivo de implementar estrategias para evitar la propagación de este virus al momento de establecer cultivares comerciales. Sin embargo, al haber variedades de caña de azúcar asintomáticas a esta enfermedad y la presencia de diferentes variantes de este patógeno, es necesario contar con una técnica como la RT-PCR con cebadores altamente sensibles. El siguiente trabajo tuvo como propósito evaluar la sensibilidad de cinco pares de cebadores que abarcan diferentes regiones del genoma de virus Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV) por medio de la técnica Reacción en cadenas de polimerasa con Transcripción Reversa (RT-PCR), para ello se seleccionaron 130 muestras (cada muestra compuesta por 20 hojas) provenientes de diferentes cultivares comerciales y semilleros ubicados a lo largo del valle del rio Cauca. La detección del virus se realizó primeramente por medio de la técnica inmunoensayo tisular (TBIA) para asegurarnos que eran positivas y luego por Reacción en cadenas de polimerasa con Transcripción Reversa (RT-PCR) con cada par de cebadores a las 130 muestras. Luego se seleccionaron 12 muestras para enviar a secuencias y conocer el porcentaje de identidad de nuestras secuencias comparadas con 10 accesiones correspondientes a las secuencias genómicas completas de las variantes del virus, publicados en GenBank. Los cebadores con mayor sensibilidad fueron los FM 323/FM 359 con el 99,2% de detección, seguido de los cebadores YLS 111/YLS 462 con el 87,6% de detección; no se logró la detección del patógeno con los cebadores B-FOR/B-REV con los diferentes perfiles de amplificación que se programaron.