El jaguar americano es una de las especies de felinos que habita en todo el continente americano. En Colombia, su distribución geográfica lo sitúa desde la Sierra Nevada de Santa Marta hasta el Amazonas. Diferentes factores antrópicos amenazan la persistencia de la especie, la cual se encuentra dentro de la lista roja CITIES, como especie amenazada. Análisis moleculares de especies, utilizando diversos marcadores de ADN, permiten discernir subespecies, filogeografía, diversidad genética y patrones de parentesco. El objetivo de este trabajo fue obtener DNA de buena calidad de muestras antiguas. Se analizaron fragmentos de ADN de tejido antiguo de jaguar (14 años) obtenido de fragmentos de piel sin tratamiento de preservación y se probaron tres protocolos de extracción de ADN y amplificó un segmento del gen mitocondrial ATP6-DF3. Los protocolos utilizados fueron: extracción por resina quelante-Quelex, Fenol–cloroformo y Kit de extracción comercial. Los resultados indican que en todos las muestras de fragmentos de piel de jaguar, se obtuvo ADN, a pesar de su antigüedad. Los métodos de extracción que presentaron mejores resultados fueron el que utilizó el kit comercial y fenol cloroformo, además el método de quelex mostró ser util, rápido y barato para obtener ADN de suficiente calidad, en muetras difícles, por su antigüedad y poco estado de preservación.