Estudios realizados a través del tiempo demuestran que las bacterias tienen por lo menos 3500 años de antigüedad, pero no fue hasta el siglo XVII que Anton van Leeuwenhoek las describió por primera vez como unos ‘animálculos vivos’, convirtiéndose así en el padre de la microbiología. La primera vez que se mencionó el término microbioma fue por Joshua Lederberg, un biólogo molecular ganador del premio nobel, pero la existencia de un microbioma fue descrita por William Beaumont en 1825, un cirujano pionero en la fisiología de la digestión, desde ese momento el microbioma se volvió un tema de gran interés sobre todo por su importancia en el cuerpo humano al ayudar a desarrollar procesos fisiológicos, así como por evitar infecciones causadas por la colonización de otros patógenos. La presente revisión se enfoca enla microbiota presente en las mucosas de boca, garganta y conjuntiva especialmente, ya que al estar expuestas permanentemente tienen mayor probabilidad de adquirir microorganismos externos y sufrir infecciones, para lo cual se revisaron 58 artículos, en los que se describe cómo actúa, sus cambios en las distintas etapas de la vida y como se modifica en su contacto con el ambiente externo.