Las cuencas hidrográficas son unidades de territorio que suplen las necesidades  humanas a través de la oferta de recursos naturales, sin embargo, estas áreas también deben ser consideradas espacios potenciales de conservación y garantía de recursos para las generaciones venideras. Esta investigación plantea una propuesta de priorización de áreas estratégicas de conservación para la regulación de caudales, validada con el apoyo de la comunidad en la microcuenca del río Caquinal ubicada en el municipio de Fómeque, Cundinamarca, Colombia. La propuesta incluye elementos de índole físico-ambiental, normativo, socioeconómico y cultural, enfocados a integrar y a entender la dinámica de la cuenca hidrográfica, en cuanto a su respuesta hidrológica dentro del modelo lluvia- escorrentía, su relación con la morfometría, los múltiples usos del recurso hídrico y los lineamientos de orden ambiental, legislativo y social que aplican a una zona de estudio. La metodología, está dividida en dos fases, la primera corresponde al análisis de la cuenca y la segunda específicamente a la priorización de áreas, en la cual se propone la aplicación de la matriz descriptiva que reúne las principales variables a analizar de cada área y permite identificar cuáles de éstas son prioritarias o estratégicas. Se encontró que la metodología desarrollada constituye una herramienta para la toma de decisiones en la protección de cuencas hidrográficas y se espera que guie las acciones para priorizar áreas con diversos fines y objetivos.