El índice de calidad de aguas es un importante instrumento para diagnosticar, identificar y evaluar la presión ejercida sobre los recursos hídricos en cuencas. Aun así, es muy difícil promover soluciones satisfactorias a los impactos por las actividades antrópicas. Por este motivo se hacen necesarias herramientas estadísticas que faciliten la interpretación de estos impactos para la toma de decisiones. Se caracterizó el uso del suelo de la Cuenca del río Juqueri en 6 clases (área urbana, agrícola, pastos, bosque, suelo expuesto y cuerpos de agua), encontrando que algunos usos del suelo vienen generando degradación en los recursos hídricos, afectando significativamente su calidad y cantidad. Se identificó un aumento en el uso del suelo urbano, agrícola y suelos expuestos, acompañados de la disminución de las áreas forestales. Las correlaciones canónicas (ACC), permitieron identificar fuentes puntuales de contaminación que afectan la calidad del agua. Se identificó la existencia de correlaciones entre la DBO, pH y la DBO con las áreas urbanas entre los sólidos totales y el nitrógeno, proveniente de la erosión, para la correlación entre coliformes y la temperatura se determinó que las variaciones de pH influyen directamente en el ICA. Obteniendo resultados satisfactorios para el objetivo del trabajo.