Comparar el comportamiento de tres genes diana 16S ADNr, polA, y TpN47, para la detección de T. pallidum subsp. Pallidum. Métodos. Se usaron técnicas moleculares como la reacción en cadena de la polimerasa en muestras de cordón umbilical . Mediante PCR convencional, PCR anidada y PCR en tiempo real se amplificaron blancos moleculares del microorganismo. Resultados. Se evidenció que con los tres genes por PCR convencional se obtienen similares resultados, pero por con PCR anidada y PCR en Tiempo Real, el gen TpN47 tiene mayor sensibilidad en comparación con los genes polA y 16S ADNr. Se concluye que el gen TpN47 se puede usar como blanco molecular para el diagnóstico oportuno de sífilis congénita por medio de PCR anidada y en tiempo real, ya que alcanzó la máxima sensibilidad y especificidad en este estudio.