La mayoría de colecciones biológicas de los museos en Colombia carecen de elementos de diagnóstico, lo que impide analizarlas y determinar su estado en términos cuantitativos y cualitativos. Para suplir esta carencia se proponen indicadores de biodiversidad aplicables a las bases de datos de las colecciones biológicas que permitan a los museos definir sus condiciones, prioridades y registrar su aporte a la biodiversidad. Es así, como existen criterios básicos para elaborar dichos indicadores: validez científica, disponibilidad y fiabilidad de los datos, este último incluye; representatividad, sensibilidad a cambios, sencillez, comparabilidad, relevancia y utilidad entre otros. Estos criterios son necesarios para soportar cada indicador como parte de la hoja metodológica.Los indicadores de conocimiento sobre biodiversidad propuestos sirven para comparar el mismo grupo biológico: (i) entre diferentes colecciones, como el caso de estudio escleractinios del Museo Javeriano – MUJ y Museo de Historia Natural Marina de Colombia- MHNMC; (ii) comparar una colección frente a un total reportado para el país o el mundo. Los indicadores usados fueron los de: representatividad y complementariedad, tanto taxonómica como geográfica, especies en peligro, identificación taxonómica, completitud de datos, intensidad de muestreo e índice de metadatos. Los indicadores utilizados arrojaron los siguientes resultados para la colección del MUJ: especies con las que cuenta, 30 corales hermatípicos; carece de, 52 corales ahermatípicos en muestreos en 3 ecorregiones del país; distribución temporal de colecta, 91.6% de las colectas recientes; distribución espacial de colecta, 6 ecorregiones a lo largo del Caribe colombiano; representatividad taxonómica 50% frente al MHNMC y 26% frente al total reportado ...Most biological collections from Colombian museums lack diagnosis, which prevent to anmize and to know it real state in qualitative and quantitative terms. To solve this problem it has been proposed some biodiversity indicators, which can be used on biological collections data bases, allowing museums to define it condition, priorities and to register it contribution to country biodiversity. There are basic criteria to elaborate indicators such as: scientific validation, data availability and reliability; the later including representativity, sensibility, simplicity, relevance and utility among others. They are necessary to support each indicator as part of the methodological sheet. The indicators proposed are used to compare the same biological group: (i). Between different collections; as this study case: Museo Javeriano - MUJ against Museo de Historia Natural Marina de Colombia- MHNMC and (ii). One Museum against a total reported for the country or the world.The indicators used were: representativity and complementarity, both in taxonomic as in geographic terms; danger species; taxonomy identification; data completeness, sampled intensity, and metadata index. The indicators showed the following results for the MUJ collection: registred species 30 hermatipic corals; absent species, 52 ahermatipic corals; sampling in three ecoregions in the country, temporal, 91.6% of the material collected recently, 2004; spatial distribution of the specimens collected, 6 ecoregions along the colombian Caribbean; taxonomic representativeness, 50% against MHNMC and 26% against a total documented in the Caribbean; curatory level, 94.4% material identify to species; danger species included in the collection, 17.6%; family with more repetitions, Faviidae, and most representative; Agariciidae. The use of indicators increases the collection utility, disclosure (country biodiversity) and specialization through the documented information. They allows museums to make diagnosis for each collection in order to establish management priorities and optimization of the economical resources.