Los hallazgos encontrados en el coprológico y uroanálisis en niños indígenas Huitotos y Emberas que habitan en la ciudad de Florencia, Caquetá, demostraron la presencia de parasitismo intestinal en un 78.9%, mientras que bacterias nitritos positivos y leucocitosis en el parcial de orina en un porcentaje de 4.8%. De acuerdo a los resultados, se sugiere implementar campañas de promoción de la salud y prevención de estas enfermedades con el fin de mejorar el estado de salud y las condiciones sanitarias de la población infantil de estos grupos étnicos.In this study were found urinary tract infection and intestinal parasitism in Embera and Huitoto indigenous children of Florencia (Caquetá, Colombia). Urinalysis and stool analysis were also carried out in adults as contribution from the research to these communities. The laboratory results showed that 4.8 % of the 21 children participating in the study had urinary tract infection and the 78.9 % intestinal parasitism with more than one parasite by individual. Accordingly with these results, the research group suggests the implementation of health promotion and prevention campaigns in order to improve the health level of the ethnics group’s child population.