En el presente estudio se evaluó la asociación entre Chlamydia trachomatis (CT) y Neisseriae gonorrhoeae (NG), utilizando la técnica de COBAS AMPLICOR CT/NG Molecular System, en muestras de orina de 355 mujeres con un promedio de edad de 23.9 años; 20 muestras fueron positivas para CT, informándose una prevalencia de de 5.63%. Aunque estudios epidemiológicos han reportado relación entre la infección por Chlamydia trachomatis y las causadas por otros microorganismos como Neisseriae gonorrhoeae; en este estudio no se encontró asociación. Factores como el tipo de muestra y la presencia de inhibidores en la orina disminuyen la sensibilidad en la detección de Neisseriae gonorrhoeae.The following study evaluated the association between Chlamydia Trachomatis (CT) and Neisseriae Gonorrhoeae (NG) using COBAS AMPLICOR CT/NG MOLECULAR SYSTEM technique in 35 women urine samples with a 23.9 year old average. 20 samples were positive to CT, showing a prevalence of 5.63%. Although, epidemiological studies have reported a relationship between Chlamydia Trachomatis infection and the ones caused by others microorganisms like Neisseriae Gonorrhoeae; this study didn’t find any association. Factors like kind of sample and the presence of inhibitors in urine, diminished sensibility to detect Neisseriae Gonorrhoeae.