Chlamydia trachomatis (CT) es uno de los agentes etiológicos más importantes en las infecciones de transmisión sexual. En la mujer CT causa patologías tales como cervicitis, uretritis y enfermedad pélvica inflamatoria, entre otras. Los objetivos de este trabajo fueron determinar la prevalencia de la infección y la concordancia de las pruebas diagnósticas para CT en pacientes sintomáticas de vaginitis o leucorrea inespecífica, que asistieron al hospital Pablo VI de Bosa y al Hospital del Sur de Bogotá, durante los meses de junio y julio de 2004. Se obtuvieron 180 muestras simultáneas de suero y de orina para la determinación de IgG, IgM e IgA anticlamidia y para PCR, respectivamente. La detección de los anticuerpos para CT en suero se realizó mediante el método ELISA (VIRCEL) y la detección del DNA en orina se hizo con la prueba AMPLICOR CT PCR (ROCHE). La prevalencia de la infección fue del 31% (56 casos). La mediana de edad en mujeres con evidencia de infección reciente o activa fue de 23 antilde;os; 37 pacientes (66%) positivas para algún marcador tenían infección activa. En 24 participantes (42.8%) con infección activa, de acuerdo con los resultados serológicos, no se detectó el DNA en orina; en 14 pacientes (25% de las pacientes positivas en las pruebas serológicas) se encontró el PCR positivo en las muestras de orina. Una prevalencia del 31% en mujeres sintomáticas indica que la infección por Chlamydia es un problema para la salud pública.Implantar un programa de tamizaje para la búsqueda activa de casos, así como la búsqueda activa de contactos sexuales, reducirá el peso socioeconómico de la infección. La prueba ideal para diagnóstico tanto de cervicitis como de uretritis en el mismo procedimiento deberá utilizar muestra de orina y de cepillado cervical.Serologic and PCR screening to determine the prevalence of chlamydia trachomatis in patients with vaginitis and inespecific vaginitis in two public hospitals in Bogota: Chlamydia trachomatis is one of the most important agents in the aetiology of sexually transmitted diseases (STD). In women CT causes cervicitis, urethritis and pelvic inflammatory disease. The objectives of this investigation were to determine the prevalence of chlamydial infection and the concordance of the diagnostic tests in patients with vaginitis and inespecific vaginitis who assist to two public hospitals of Bogota (Hospital Pablo VI de Bosa and Hospital del Sur), during June and July 2004. IgG, IgM and IgA in serum and PCR in urine samples were practiced in 180 patients. C. trachomatis antibodies detection was done by ELISA (VIRCEL) and DNA detection by AMPLICOR CT PCR (ROCHE) test. The prevalence of chlamydial infection was 31% (56 cases). The median age of women with recent or active infection was 23 years. 37 patients (66%) with positive results in at least one marker had active infection. DNA was not detected in urine samples in 24 patients (42.8 %) with active infection diagnosed by serologic criteria. PCR was positive in urine samples of 14 women (25 % of the patients with positive serologic tests). A prevalence of 31% in symptomatic women indicates a mayor public health problem.It is necessary to implement a screening programme to detect the cases, as well as, to find the sexual contacts in order to reduce the burden of chlamydial infection.Aurine sample mixed with a cervical simple will be useful for the simultaneous diagnosis of cervicitis and urethritis.