El desarrollo de estrategias diferentes al uso de agroquímicos en la agricultura ha abierto nuevas posibilidades a la investigación con microorganismos como alternativa en control biológico debido a sus capacidades bioquímicas y la facilidad de su manejo para la protección de cultivos. El objetivo del presente estudio fué establecer el efecto biocontrolador de Bacillus spp., frente a Fusarium sp., bajo condiciones de invernadero en tomillo. La metodología incluyó el aislamiento del posible patógeno que estaba causando marchitez vascular y pérdidas en la producción, su identificación por claves taxonómicas, pruebas de antagonismo directo en placa en donde se evaluó el radio de crecimiento de la colonia, porcentaje de inhibición y tasa de crecimiento, ensayos bajo condiciones de invernadero en plantas de tomillo con evaluaciones cada 5 días durante 1 mes por escala de severidad. Finalmente, se confirmó la presencia del patógeno en un segundo aislamiento para confirmar los postulados de Koch. Los resultados mostraron que el causante de la enfermedad era el hongo Fusarium pseudonygamai y en las pruebas de antagonismo que el tratamiento con Bacillus UCMC (B2) resulto tener el mejor efecto biocontrolador in vitro y bajo condiciones de invernadero contra Fusarium sp., por presentar mayores porcentajes de inhibición, raíces más largas, mayor peso seco y disminución o ausencia de síntomas de la enfermedad. Se concluyó que de los microorganismos en estudio, Bacillus UCMC (B2) tuvo el mejor potencial biocontrolador bajo condiciones de invernadero contra Fusarium sp., en plantas de tomillo.The development of different strategies different to agrochemicals in agriculture has opened new possibilities for research with microbes as biological control alternative, given its biochemical abilities and ease of use for crop protection. The aim of this study was to establish the biocontrol effect of Bacillus spp., against Fusarium sp., under greenhouse conditions in thyme. The methodology included isolation of possible pathogen causing vascular wilt and yield losses, its identification by taxonomic keys, evidence of direct antagonism plate where the radius of colony growth was evaluated, percentage of inhibition and growth rate, tests undergreenhouse conditions in thyme plants assessed every 5 days for 1 month by severity scale. Finally, we confirmed the presence of the pathogen in a second isolation in order to confirm Koch’s postulates. The results showed that the cause of the disease was the fungi Fusarium pseudonygamai . Antagonism test showed that treatment with Bacillus UCMC (B2) had the best biocontrol effect in vitro and under greenhouse conditions against Fusarium sp, giving its highest percentages of inhibition, longer roots, increased dry weight and decrease or absence of disease symptoms. It was concluded that among the microorganisms under study, Bacillus UCMC (B2) had the best potential biocontrol under greenhouse conditions against Fusarium sp in thyme plants.