El objetivo de este proyecto fue evaluar la aplicación de las prácticas de manufactura en los trapiches San Francisco y La Esmeralda mediante la aplicación de encuestas etnográficas, documentación fotográfica e identificación de contaminantes microbiológicos presentes en la panela, manos de empleados e implementos de trabajo. En los resultados obtenidos se encontró que una proporción importante de las muestras presentaron contaminación por bacterias como Staphylococcus epidermidis, Streptococcus uberis, Leuconostoc mesenteroides, Bacillus spp, Corynebacterium spp, Actynomices spp, Lactococcus lactis y Gardnerella vaginalis, y hongos como Fusarium spp, Aspergillus spp, Paecilomyces spp, Penicillium spp y Mucor spp, demostrando falencias en el proceso de producción por la falta de implementación de las Buenas Prácticas de Manufactura. A partir del estudio, se recomendó capacitar a los empleados periódicamente acerca de la manipulación de alimentos y prácticas básicas de higiene y realizar una vigilancia más estricta a los trapiches.In this study was evaluated the implementation of manufacturing practices in the San Francisco and La Esmeralda mills through ethnographic surveys, photographic evidence and recovery of microbiological contaminants from panela, employees hands and working tools. A significant proportion of samples from hands, work tools and panela were found contaminate with bacteria such as Staphylococcus epidermidis, Streptococcus uberis, Leuconostoc mesenteroides, Bacillus, Corynebacterium, Actinomyces spp, Lactococcus lactis and Gardnerella vaginalis, and fungi including Fusarium spp, Aspergillus spp, Paecilomyces spp, Penicillium spp and Mucor spp. These results revealed failures in the production process due to the lack of implementation of Good Manufacturing Practices. Based in this study it was recommended to give regular trainings to the employees about food handling and basic hygiene practices. Also carry out a strict monitoring of the mills in order to be able in the future to rank Colombia as greater panela producer and exporter.