Este estudio establece una correlación entre la exposición a perclorato de amonio y la presencia clínica de alteraciones en el eje hipotálamo-hipófisis- tiroides, tomando como referencia diferentes dosis de aplicación desde la aceptada como dosis segura hasta un incremento significativo de dicha dosis. El trabajo reviste gran importancia debido a que esta sustancia química es uno de los compuestos de mayor uso como pesticida en el departamento de Boyacá. Mediante ensayos inmunoenzimáticos con microplacas; con los Kit comerciales Kit Accubind Elisa Microwells TSH y Kit Accubind Elisa Microwells T4L y el análisis clínico se pudo establecer la existencia de alteraciones en el eje hormonal, lo que puede ser indicador en el futuro de un alto riesgo por parte de los individuos que manipulen esta sustancia.This study establishes a correlation between exposure and clinical alterations in the hypothalamic-pituitary-thyroid axis. Different dosages were applied, from the accepted safe dosage up to a significant increase dosage. The study was carried out under the laboratory animal center conditions at Universidad of Boyacá (Colombia). Due that ammonium perchlorate is one of the most used compounds as pesticide in Boyacá department this type of studies are extremely important. Using enzyme immunoassay in micro-plate (Accubind Elisa Microwells TSH and Kit Accubind Elisa Microwells T4L ) and following clinical analysis alterations in the hormonal axis were found which could be be indicative of a possible high risk in the future for individuals who handle this substance.