Optimizar una tecnica PCR que permita evaluar la presencia de C. trachomatis en hisopados anorrectales provenientes de HSH. En Colombia se notifican anualmente mas de 70.000 casos nuevos de ITS, de los cuales se estima que aproximadamente el 9.3% corresponde a uretritis entre las que se encuentran las causadas por C. trachomatis. Métodos. Uno de los problemas en el metodo de deteccion de C. trachomatis por PCR en muestras de hisopado anorrectal es la extraccion de ADN, el uso de equipos automatizados dispuestos en el mercado resulta costoso y en muchos de los casos no estan disponibles en el laboratorio clinico de rutina. En este estudio se realizo una PCR para deteccion de C. trachomatis, estableciendo un protocolo para la toma de muestra y extraccion de ADN a partir de hisopos anorrectales. Resultados. Se procesaron 27 muestras correspondientes a HSH voluntarios pertenecientes al Grupo de apoyo y estudio de la Diversidad Sexual (GAEDS) de la Universidad Nacional de Colombia. Se encontraron 5 muestras positivas para C. trachomatis en hombres sintomáticos y asintomáticos relacionado con el riesgo de adquirir infeccion por sus practicas sexuales.