Determinar la seroprevalencia de la enfermedad de Chagas en población general procedente de tres departamentos de la Amazonía colombiana: Vaupés, Amazonas y Guaviare y analizar variables de riesgo para la enfermedad. Métodos. Para determinar la seropositividad se analizaron 3429 muestras de suero obtenidas mediante previo consentimiento informado durante los años 2009 y 2010 a través de un muestreo probabilístico, de conglomerados, estratificado y trietápico para cada departamento, con probabilidades finales desiguales. Fueron analizadas en el Laboratorio de Parasitología del Instituto Nacional de Salud de Bogotá mediante dos técnicas de diagnóstico, Inmunoensayo enzimático (Elisa) e Inmunofluorescencia indirecta (IFI) empleando como antígeno una cepa de Trypanosoma cruzi colombiana previamente caracterizada como linaje TcI. Resultados. Se encontró una seroprevalencia general de 0,99%, 2,07% para el departamento del Guaviare, 0,79% para el departamento de Vaupés y 0,09% para el departamento de Amazonas. Estos resultados permitirán establecer una línea de base epidemiológica que contribuya a las estrategias de control de la enfermedad en esta zona.