Objetivo. Identificar microorganismos fitopatógenos presentes en las aguas utilizadas para riego en la cuenca media del rio Bogotá. Métodos. Las muestras fueron tomadas en doce fincas de la cuenca media y analizadas con la técnica de filtración por membrana. Las bacterias se identificaron por bioquímica y los hongos por claves dicotomas. Resultados. El agua de riego analizada contenía bacterias como: E.coli, P. vulgaris, A. urinae, E. cloacae, B.cereus, S. marcescens, B. brevis, y en cuanto a los hongos se encontraron: Aspergillus fumigatus, Aspergillus flavus., Mucor sp., Rhizopus sp., Penicillium sp. y Fusarium sp. La presencia de estos potenciales fitopatógenos en el agua indican un alto riesgo de contaminación y dispersión de éstos en los cultivos.