Introducción. Para el fortalecimiento de la calidad del diagnóstico de malaria en Colombia, sedesarrollan los Programas de Evaluación del Desempeño (PED) en los que participan laboratoriosprivados y públicos del país. Objetivo. Analizar los resultados obtenidos en los programas deevaluación del desempeño de malaria de los laboratorios de salud pública y privados de Colombiaen el lapso 2015-2016. Materiales y métodos. Se realizó un estudio de tipo retrospectivo mediantela revisión de los resultados obtenidos por los LSP y laboratorios privados participantes enlos programas de evaluación directa e indirecta del desempeño (PEDD, PEID) de malaria durantelos años 2015 y 2016 en términos de participación, concordancia de positividad y negatividad(Índice Kappa de Cohen), concordancia de especie, de formas parasitarias y de recuento (Z score).Resultados. La participación en el PEID se incrementó de 15% en 2015 a 51% en 2016, asícomo el total de láminas enviadas que en su mayoría cumplían con los criterios establecidos por elLaboratorio Nacional de referencia (LNR). La participación en el PEDD se incrementó de 88%en 2015 a 94% en 2016, con un Índice Kappa de Cohen de 0,97, una media de concordanciade especie parasitaria de 83,3% y de formas parasitarias de 62,5% y una concordancia del recuentoparasitario más frecuente entre -0,9 y 0,9, evidenciándose un mejor desempeño en 2016.Conclusión. Basados en los resultados obtenidos es necesario promover una mayor participaciónde los LSP en los PED de malaria, especialmente en el PEID y aumentar la participación de loslaboratorio privados.