Objetivo. Evaluar la calidad sanitaria del agua del Humedal Córdoba, por medio de indicadores de aguas residuales (coliformes totales, Escherichia coli y Enterococcus) y otros grupos bacterianos como Pseudomonas y Aeromonas. Métodos. Se tomaron quince muestras de agua de diferentes puntos de los sectores dos y tres del humedal, tanto en época de lluvia como en época seca. El recuento de microorganismos se realizó por el método de filtración de membrana siguiendo el Standard Methods. Resultados. Las aguas del Humedal Córdoba contienen un alto número de coliformes totales por lo que no deben ser usadas para fines de consumo humano y doméstico, agrícola o recreativo. La concentración de bacterias pertenecientes a los grupos de Coliformes y Enterococcus confirma la contaminación de origen fecal en todo el ecosistema. Esta contaminación se asocia al vertimiento de aguas residuales al humedal.Objective. To evaluate the sanitary quality of the water of the Córdoba Wetland, using wastewater indicators (total coliforms, Escherichia coli and Enterococcus) and other bacterial groups such as Pseudomonas and Aeromonas. Methods. Fifteen water samples were taken from different points in sectors two and three of the wetland, both in the rainy and dry seasons. The count of microorganisms was carried out by membrane filtration following the Standard Methods. Results. The water of the Córdoba Wetland contain a high number of total coliforms and should therefore not be used for human consumption and domestic, agricultural or recreational purposes. The concentration of Coliforms and Enterococcus confirms the fecal contamination in the ecosystem. This contamination is associated with the dumping of wastewater into the wetland.