Objetivo. Describir la microbiota que se encuentra en la cavidad bucal de caninos en condición de abandono de la Fundación Razas Únicas en el municipio de Chía – Cundinamarca. Métodos. Para el estudio se tomaron 29 muestras orales con escobillón a 23 caninos de la Fundación Razas Únicas del municipio de Chía – Cundinamarca. 23 muestras se recolectaron para identificación de bacterias aerobias y anaerobias facultativas,  las cuales se transportaron en medio líquido tripticasa soya y 6 muestras para recuperación de bacterias anaerobias estrictas transportadas en medio VMGA-III. El aislamiento de los microorganismos se realizó en medios selectivos y la identificación con el sistema BD BBL™Crystal™. Resultados. De las 29 muestras analizadas se aislaron 59 bacterias, entre ellas 15 géneros y 15 especies diferentes como; Escherichia coli, Proteus mirabilis, Citrobacter freundii, Enterobacter sakazakii, Enterobacter cloacae, Enterococcus durans, Enterococcus faecalis, Eikenella corrodens, Porphyromonas endodontalis, Fusobacterium spp y Capnocytophaga spp. De acuerdo con la revisión de la literatura, las bacterias anaerobias encontradas están principalmente relacionadas con enfermedad periodontal y las enterobacterias con contaminación oro-fecal.Objective. To describe the microbiota found in the oral cavity of canines in condition of abandonment of the Razas Únicas Foundation in the municipality of Chía - Cundinamarca. Methods. For the study, 29 oral samples were taken with a brush from 23 canines from the Razas Únicas Foundation of the municipality of Chía - Cundinamarca. 23 samples were collected for identification of facultative aerobic and anaerobic bacteria, which were transported in soybean tripticase liquid medium and 6 samples for recovery of strict anaerobic bacteria transported in VMGA-III medium. The isolation of the microorganisms was carried out in selective media and identification with the BD BBL ™ Crystal ™ system. Results. From the 29 samples analyzed, 59 bacteria were isolated, including 15 genera and 15 different species such as Escherichia coli, Proteus mirabilis, Citrobacter freundii, Enterobacter sakazakii, Enterobacter cloacae, Enterococcus durans, Enterococcus faecalis, Eikenella corrodens, Porphyromonas endodontalis, Fusobacterium spp and Capnocytophaga spp. According to the review of the literature, the anaerobic bacteria found are mainly related to periodontal disease and the enterobacteria with oral-fecal contamination.