En este artículo se pretende analizar la aplicación del Manual para la asignación de compensaciones por pérdida de biodiversidad, en el sector de infraestructura vial en Colombia. Para ello, se realizó una revisión bibliográfica sobre el estado del arte acerca de la biodiversidad, servicioseco sistémicos (SE), pérdidas de biodiversidad, las compensaciones por pérdida de biodiversidad y los impactos ambientales ocasionados por las vías, con el fin de analizar los principios de compensación definidos por la normatividad colombiana a la luz de las transformaciones el paisajeocasionadas por la fragmentación de ecosistemas. Lo anterior, teniendo en cuenta, que durante la última década, la fragmentación se ha convertido en un problema ambiental global. Con base en lo anterior, la metodología empleada incluye una revisión y análisis del estado actual del arte a la luz de las compensaciones en el sector de infraestructura vial. Luego, se planteó una propuesta de gestión para la infraestructura vial en Colombia, que permita incluir la fragmentación de ecosistemas dentro del análisis de compensación para proyectos lineales de infraestructura vial, y, además, contribuir con la no pérdida neta de biodiversidad.