En el departamento de Boyacá (Colombia), el sector agroindustrial está conformado, en alto porcentaje, por microempresas localizadas principalmente en la zona central, donde se desarrollan la mayoría de actividades económicas, de las cuáles las agroindustriales se concentran en el procesamiento de lácteos y transformación de frutas, productos destinados a mercados locales, regionales y en algunos casos nacionales. Las microempresas objeto de estudio están asentadas en el Corredor Industrial, se caracterizan por poseer activos desde 50 hasta 200 millones, trabajadores y volúmenes de producción variable, con escaso y heterogéneos niveles de capacidad em­presarial, desarrollo tecnológico, cultura organizacional, gestión financiera y de mercados. El sector posee rezago tecnológico y lenta adopción de estrategia de desarrollo generando desinversión, pérdida de empleos y escasa dinámica económica. Este trabajo analiza, según la metodología de la ONUDI, el sistema agroindustrial del departa­mento, que comprende la descripción, análisis e interpretación de la naturaleza actual y su composición, igualmente mediante el benchmarking, y con instrumentos de diagnóstico diseñados y convalidados, se caracterizan los sistemas al interior de las microempresas agroindustriales. Se obtiene un diagnóstico del estado competitivo de las microempresas en sus diferentes componentes (administrativo, técnico /productivo, financiero etc.). Los resultados obtenidos permiten determinar los niveles de desempeño y contrastarlo con la mejor práctica empresarial en cada uno de los sistemas analizados y frente a otras microempresas, a través de un diagnóstico individual y posteriormente sectorial. Se proponen estrategias para que las microempresas de bajos desempeños logren nivelar sus estructuras ... In Boyacá, the agro-industrial sector is composed of a high percentage of micro companies located mainly in the central region where the majority of economic activities occur. These agro-industrial activities are centered on dairy processing and the processing of fruits destined for local, regional and in some cases national markets. The micro companies that were used as the study object are situated in the Industrial Corridor, and are characterized by 50 to 200 million active workers and volumes of variable production, with limited and heterogeneous levels of commercial capacity, technological development, organizational culture, financial and market management. The sector suffers from outdated technology and the slow adoption of development strategy resulting in disinvestment, job losses and limited economic diversity. This paper analyzes the agro-industrial system of the department of Boyacá through the methodology of the UNIDO, which includes a description, analysis and interpretation of its current nature and composition, and likewise, through benchmarking and with diagnostic tools designed and validated, characterize the systems within agro-industrial mi­cro companies. An assessment of the competiti­ve state of the micro companies in their different components (administrative, technical/ productive, financial, etc.) was procured. The results obtained allowed for the determination of unemployment levels and the ability to contrast them with the best business practices in each of the systems analyzed and with other micro companies through an individual, and later a sectorial diagnostic. The paper proposes strategies that micro companies of low performance levels can use to leverage their administrative and productive structures. With the results obtained, an integration model for agro-industrial companies that allows them to increase their level of competitiveness was designed.No município de Boyacá (Colômbia), o setor agroindustrial está formado, em grande parte, por mi­croempresas localizadas principalmente na zona central, de onde se desenvolvem a maioria das atividades econômicas, das quais as atividades agroindustriais se concentram no processamento de produtos lácteos e na transformação de frutas, produtos destinados a mercados locais, regionais e em alguns casos nacionais. As microempresas que foram objeto do estudo estão localizadas no corredor industrial, caracterizam-se por possuir ativos na faixa de 50 a 200 milhões; trabalhadores e volumes de produção variáveis, com escasso e heterogêneo nível de capacidade empresarial, desenvolvimento tecnológico, cultura organizacional, gestão financeira e de mercados. O setor possui um notável atraso tecnológico e uma adoção lenta de estratégias de desenvolvimento não gerando investimentos, causando perda de empregos, e uma escassez de dinâmica econômica. Esta pesquisa analisa, segundo a metodologia da ONUDI, o sistema agroindustrial do município, que foi citado, analise e interpretação da natureza atual e sua composição, igualmente em comparação ao benchmarketing, e com instrumentos de diagnósticos desenhados e convalidados, são caracterizados os sistemas no interior das microempresas agroindustriais. Obteve–se um diagnostico do estado competitivo das microempresas, nos mais diferentes setores (administrativo, técnico/produtivo, financeiro, etc.). Os resultados obtidos permitem determinar os níveis de desempenho e contrasta-los com a melhor pratica empresarial em cada um dos sistemas analisados e frente a outras microempresas, através de um diagnostico individual e posteriormente setorial. Propõem-se estratégias para que as microempresas de baixo desempenho busquem nivelar suas estruturas administrativas e produtivas. Com os resultados obtidos desenhou-se um modelo de integração para as microempresas agroindustriais que permite aumentar os níveis de competitividade.