El desarrollo industrial de un país se encuentra relacionado con el uso de sus recursos naturales, es por esto que se deben definir nuevas estrategias de remoción de carga contaminante para cumplir la nueva normatividad de usos de agua y vertimientos líquidos en Colombia. Una de estas alternativas es utilizar bacterias nativas productoras de biopolímero EPS y PHA sintetizadas en laboratorio. Esta investigación tuvo como objetivos determinar la relación que existe entre la producción de biopolímeros y la remoción de DBO5, DQO y SST en un reactor aerobio continuo y realizar la comparación de producción de EPS y PHA entre un reactor tipo batch y un reactor aerobio continuo, con efluentes de dos empresas del sector alimenticio de Manizales, Colombia. Se utilizó un sistema de biorreactores aerobios de flujo ascendente el cual se alimentó de forma continua por medio de tanques de suministro. En la empresa productora de golosinas los mayores valores de remoción fueron de 81,46%, 64,09% y 75,78% para DBO5, DQO y S.S.T respectivamente. Se obtuvieron biopolímeros EPS y PHA en mayor cantidad de 2,38 y 0,667 mg l-1 respectivamente. Por otro lado, el efluente de la empresa productora de derivados lácteos presentó fermentación de las aguas tratados en los biorreactores, caso que fue eliminado del estudio dada esta contaminación. En conclusión, se obtuvieron biopolímeros EPS y PHA en los tratamientos, a la vez que se evidenció la remoción de carga orgánica de las aguas tratadas.