Los abonos orgánicos desde tiempos remotos se han trabajado de diferentes maneras, algunossin ningún tipo de control y manejo adecuado, aun así, son utilizados para conservar y mejorar las condiciones fisicoquímicas y biológicas de los suelos. Los abonos orgánicos proceden de la transformación de residuos orgánicos de origen vegetal y/o animal que generan subproductos como lixiviados, los cuales se convierten en un problema de contaminación al no tener en cuentasu captación como líquidos residuales, ya que una parte se filtra deteriorando y contaminando suelos, aguas libres, aguas subterráneas y otra parte queda expuesta en la superficie ocasionando desprendimiento de CO2 hacia la atmósfera, lo cual acelera el efecto invernadero. Este artículo de investigación pretende determinar el manejo actual de residuos orgánicos de fincas dedicadas a la producción agroecológica y caracterizar la composición de estos lixiviados, a diferencia de los residuos líquidos extraídos del compost convencional. Se analizaron en laboratorio muestras de lixiviados de los dos tipos de compost, con el fin de relacionar los parámetros fisicoquímicos y microbiológicos. Los resultados muestran que el lixiviado agroecológico presenta un mayor índice y diversidad de comunidades microbiológicas. Con relación a las características fisicoquímicas hay mayor concentración de nutrientes y metales pesados en el lixiviado convencional, por lo cual se recomienda evaluarlos antes de su aplicación en campo.