El manejo adecuado de la nutrición de un cultivo implica hacer un uso eficiente de los nutrientes. Por tanto, esta investigación tuvo como objetivo determinar la eficiencia agronómica (EA) y de recuperación del fertilizante (ERF) para nitrógeno, fósforo y potasio en ají habanero y ají tabasco y su influencia en el rendimiento. El diseño experimental consistió en bloques completos al azar con cuatro tratamientos y cuatro repeticiones.  Los tratamientos fueron T1: Testigo, T2: fertilización según el programa que maneja el Centro Experimental de la Universidad Nacional de Colombia (CEUNP) para N-P-K, T3: programa de fertilización de CEUNP + 50% y el T4: programa de fertilización de CEUNP + 100%. Para ají tabasco (C. frutescens L.) y habanero (C. chinense J.) el análisis de varianza dio diferencias altamente significativas (p<0,001) por efecto de los tratamientos tanto para la eficiencia agronómica (EA) como de recuperación del fertilizante (ERF). Los resultados muestran que los mayores valores de EA y ERF para N-P-K en tabasco  se presentaron en el tratamiento T4, y en habanero se presentaron en el tratamiento T3, excepto para la ERF de fósforo.  Así, estos permiten observar que ají tabasco presenta bajas eficiencias agronómicas y de recuperación de nutrientes con respecto al tipo habanero. Los mejores rendimientos de tabasco y habanero se presentan en el T4 y los menores en el T1, lo que sugiere una clara influencia del genotipo.