La determinación de la huella de carbono (HC), se realizó con el fin de conocer el aporte de Gases Efecto Invernadero (GEI) por el sistema de producción cafetera y que este sirva como indicador para la toma de decisiones en el manejo integral de la producción de cafés especiales, para el sur del departamento del Huila. La metodología se basó en la Norma Técnica Colombiana NTC – 5947, valorando la HC con base en las remociones y emisiones de GEI y su unidad funcional. Para las remociones se utilizó la cubicación como herramienta de medición, generando modelos no lineales con base en el tiempo cronológico y transformándolas a dióxido de carbono equivalente (CO2eq). Las emisiones se obtuvieron por medio de un instrumento de caracterización aplicado a 505 predios cafeteros de dieciséis asociaciones en la zona de estudio. Se midieron variables alométricas para evitar muestreos destructivos posteriores. Los resultados evidenciaron que la variable diámetro del tallo medido a 15 centímetros del suelo, muestra el mayor ajuste para predecir la biomasa de las plantas de café. Además la HC con base en las remociones es de 11,94 kilogramos de CO2eq capturado por cada kilogramo de café pergamino seco (c.p.s) producido y las emisiones de 2,17 kilogramos de CO2eq emitido a la atmosfera por kilogramo de c.p.s producido. Las actividades con mayores emisiones de GEI fueron la fertilización nitrogenada, el transporte y el consumo de combustibles fósiles.