El Choco biogeográfico (ChB) es considerado un Hotspot de biodiversidad, pero existen pocos estudios comparativos de las diferencias regionales asociadas con la fisiografía o los suelos. En este estudio contrastamos la diversidad, abundancia y dominancia de especies entre bosques de “tierra firme vs pantanosos” en dos sitios del ChB. El primero ubicado en la costa pacífica (Jardín Botanico del Pacifico) y el segundo en la costa atlántica en el Darién (reserva Sasardí). Nuestros resultados concuerdan con otros estudios que muestran grandes diferencias entre bosques cercanos de tierra firme y pantanosa. Encontramos que dentro de cada región, las zonas inundables mostraron mayor número de individuos, pero menores valores de área basal, que las zonas de tierra firme. Esto se debe básicamente a que las zonas pantanosas están dominadas por especies de palmas, en particular por Euterpe oleracea, con muchos individuos pero que alcanzan pequeños diámetros del tronco, generalmente menores de 15 cm. En relación con la diversidad alfa, los valores de riqueza de especies y diversidad de Shannon de bosques pantanosos presentan valores más bajos que los bosques de tierra firme en ambos sitios. El índice de dominancia de Simpson muestra un patrón contrario, y las curvas de rarefacción se corresponden con este patrón. La diversidad beta es alta, separando claramente los bosques de Tierra firme de los pantanosos dentro de cada región, y los de Tierra Firme entre las regiones. Se destaca la importancia de los bosques pantanosos, que si bien tienen una extensión reducida en el norte del Choco, albergan un gran número de individuos de especies útiles para las comunidades. Además, prestan otros servicios ecosistemicos de importancia como el control de inundaciones y el almacenamiento de carbono.