Existen una serie de barreras en la implementación de HCE:
- Financieras: debido a los altos costos de la inversión, los costos del matenimiento y la incertidumbre del retorno de la inversión.
- Técnicas: debido a la falta de infraestructura, la falta de habilidades de los usuarios, falta de soporte o la personalización de los sistemas.
- Temporales: ya que su implementación supone mucho tiempo, con plazos de ejecución largos, implicando registros de datos y el transpaso de la información de los historico al soporte electrónico.
- Psicológico: al ser considerada una pérdida de autonomía o por el ecepticismo de los usuarios.
- Sociales: por la falta de cooperación entre los profesionales de salud o por la falta de confianza con las empresas distribuidoras.
- Legales: relacionadas con el tema de claridad en la normas empleadas para la confidencialidad y seguridad.
- Gestión del cambio: debido a la falta de incentivos, participación o liderazgo.
- Organizativas: según la complejidad de la organización y su actividad.