La sustentabilidad es un criterio de la valoración de los agroecosistemas que implica que éste conserva sus condiciones, tal que su base biológica se mantiene fortalecida, su productividad estable y su componente social satisfecho. Para cumplir esta premisa se requiere que desde la política pública se propenda por ladefensa de los sistemas de producción de base campesina, que la institucionalidad gubernamental faciliten mecanismos para el acceso a recursos tecnológicos y de capital que permita su inserción en los mercados y desde la academia, la sociedad civil y las organizaciones gremiales se generen estrategias para su fortalecimiento, en tal sentido la metodología MESMIS es una estructura cíclica multiescalar y flexible, basada en un enfoque participativo con visión interdisciplinaria aplicable en diversos contextos agropecuarios para evaluar la sustentabilidad de agroecosistema en las perspectivas económica, social y ambiental. Este documento hace  una rápida revisión de los conceptos que integran la metodología MESMIS y propone una estrategia para su implementación teniendo como punto de partida diversas experiencias de su aplicación en agroecosistemas campesinos de la región central de Boyacá (Colombia).