En citogenética animal, la citogenética es una herramienta importante para la sanidad animal y la selección de reproductores. Mediante análisis cromosómicos se pueden escoger animales libres de anormalidades citogenéticas, las cuales en su mayoría son responsables de malformaciones, que amenazan la supervivencia del animal (generalmente aneuploidías) y baja de fertilidad (anormalidades relacionadascon traslocaciones balanceadas) o esterilidad (anormalidades citogenéticas relacionadas con los cromosomas sexuales). De igual manera, la citogenética aplicada al estudio animal puede ser utilizadapara el análisis de ambientes contaminantes utilizando las aberraciones cromosómicas como indicadores del grado de daño sobre el ADN de diferentes tipos de sustancias.